El acervo de aproximadamente 38 mil objetos museológicos reúne piezas de lahistoria de la ciudad y artefactos y objetos de diferentes pueblos indígenas en el Brasil, formando uno de los más importantes acervos del Estado de São Paulo. Ese acervo permite que el museo promueva una discusión en torno al proceso de colonización del oeste de São Paulo y la relación, en el pasado y en el presente, entre indígenas (todavía presentes en la región) y no indígenas.
La colección histórica representa la formación y el desarrollo del municipio, desde el núcleo inicial de 1929, y la contribución de los grupos de inmigrantes como letones, españoles, portugueses, japoneses, árabes y otros. La hemeroteca reúne los principales periódicos originales, más de 10 mil ediciones, de Tupã del final de la década de 1940 hasta mediados de los años 1990.
La colección indígena representa diversos pueblos presentes en el territorio brasileiro, como los Karajá, Kayapó, Rikbaktsa, Suyá, Tapirapé, Asurini, Kaapór, Wajãpi, Waujá, Bororo, Yanomámi y otros. Reúne objetos de caza, uso doméstico y de otras actividades cotidianas y ritualistas de los pueblos indígenas, además de plumería, cerámica, cestería y tejidos. Destacamos la cerámica Kaingang producida en el oeste de São Paulo.
