O Centro de Referência Kaingang e dos Povos Indígenas no Oeste de São Paulo é um espaço do Museu, dedicado à preservação da cultura Kaingang e dos demais grupos do interior paulista: Krenak, Terena e Guarani. A exposição “Referência Indígena” apresenta ao público um panorama dos materiais preservados, com destaque aos Kaingang, residentes na região há três mil anos.